Setelah sukses dengan serial drama, Shiritsu Bakaleya Koko mendapatkan sekuel film dengan judul yang sama. Kali ini, setelah bergabung dengan SMA Cattleya II, SMA Bakada yang penuh dengan murid berandalan kembali mengalami penggabungan dengan SMA Cattleya I, sekolah putri dengan murid-murid berkelas.
Film Shiritsu Bakaleya Koko diawali dengan cerita dimana para siswa dari SMA Bakada telah berteman baik dengan para siswi dari SMA Cattleya II. Namun, suatu hari, salah satu siswa SMA Bakada membawa kabar bahwa mereka akan mengalami penggabungan untuk kedua kalinya.
Para siswa SMA Bakada pun mengonfirmasi hal ini kepada gurunya. Ternyata, sang guru menyampaikan bahwa SMA Bakada akan digabungkan dengan SMA Cattleya I, tapi hanya satu kelas yang akan mengalami penggabungan tersebut, yakni kelas SMA Bakada yang telah tergabung dengan SMA Cattleya II. Itu pun hanya dilaksanakan selama satu bulan.
Sang guru pun mengingatkan bahwa peraturan di SMA Cattleya I lebih ketat daripada SMA Cattleya II, sehingga mereka mungkin saja akan langsung dikeluarkan dari sekolah jika melakukan sesuatu yang buruk. Terlebih, jika sebelumnya SMA Cattleya II yang menempati gedung SMA Bakada saat penggabungan dilakukan, tapi kini, para siswa SMA Bakada dan para siswi SMA Cattleya II yang harus menempati gedung SMA Cattleya I.
Bergabungnya SMA Cattleya I dan II menyebabkan dualisme kepemimpinan OSIS. Ketua OSIS SMA Cattleya I, Yuka Kunezono (diperankan oleh Rena Kato) bertentangan paham dengan Ketua OSIS SMA Cattleya II, Fumie Shingyoji (diperankan oleh Haruka Shimazaki). Keberadaan SMA Bakada juga membuat para siswi di SMA Cattleya I merasa tidak nyaman dan mereka pun acapkali mendiskriminasi para siswa SMA Bakada.
Yuka pun kerap menantang Fumie bersaing dalam berbagai kesempatan, meski Fumie sebenarnya tidak berkenan dengan hal tersebut. Sebab, ia lebih ingin SMA Cattleya I dan II, serta SMA Bakada, mampu berbaur satu sama lain dan menjadi teman. Namun, Fumie juga kesulitan mengingatkan teman-temannya di SMA Bakada yang kerap tak bisa mengendalikan diri untuk tidak berulah dan berkelahi. Padahal, mereka terancam dikeluarkan jika sampai melanggar peraturan.
Di tengah semua masalah itu, Fumie pun dilanda kebimbangan, karena ia mendapatkan tawaran beasiswa untuk melanjutkan sekolah ke luar negeri dalam waktu dekat. Mampukah ia menyatukan SMA Cattleya I dan II, serta SMA Bakada sebelum melanjutkan studi ke luar negeri? Saksikan kelanjutannya dalam film Shiritsu Bakaleya Koko. Jangan dilewatkan, ya!
